Các trường Công lập Boston tuyển 57.000 học sinh theo học tại 145 trường, bao gồm cả các trường "khảo nghiệm" có uy tín: Học viện Latin Boston, Trường toàn học & khoa học John D. O'Bryant, và trường Latinh Boston. Trường Latin Boston được thành lập vào năm 1635, là trường trung học công lâu năm nhất tại Hoa Kỳ; trường trung học công lâu năm thứ nhì, và trưởng tiểu học công lâu năm nhất tại Hoa Kỳ cũng nằm tại Boston.[21] Các học sinh trong hệ thống có xuất thân chủng tộc: 35% người da đen hoặc Mỹ gốc Phi, 42% người Hispanic hoặc Latino, 13% người da trắng, và 8% người gốc Á.[134] Thành phố cũng có các trường tư thục, trường dòng, và trường đặc quyền, và có xấp xỉ 3.300 học sinh là người thiểu số theo học tại các trường ngoại ô thông qua tổ chức METCO.[135]

Một số đại học nổi tiếng nhất tại Hoa Kỳ nằm trong khu vực đại đô thị Boston. Bốn thành viên của Hiệp hội đại học Hoa Kỳ nằm tại Đại Boston (đứng đầu trong số các khu vực đại đô thị): Đại học Harvard, Học viện Công nghệ Massachusetts, Đại học Boston, và Đại học Brandeis.[136] Do các hoạt động nghiên cứu được tiến hành trong các đại học này, các bệnh viện, đại học, và viện nghiên cứu tại khu vực Boston nhận được hơn 1,77 tỷ USD trợ cấp của Viện Y tế quốc gia vào năm 2013, cao nhất trong số các khu vực đại đô thị tại Hoa Kỳ.[137] Đại Boston có trên 100 học viện và đại học, với 250.000 sinh viên theo học chỉ tính riêng tại Boston và Cambridge.[138] Các đại học tư thục lớn nhất của Boston gồm có Đại học Boston (cơ quan sử dụng lao động lớn thứ tư của thành phố)[139] với khu trường sở chính đặt tại Đại lộ Commonwealth và một khu trường sở y tế tại South End; Đại học Northeastern tại khu vực Fenway|;[140] Đại học Suffolk gần Beacon Hill, với trường luật và trường kinh doanh;[141] và Học viện Boston nằm vắt qua ranh giới Boston (Brighton)–Newton.[142] Đại học công duy nhất của Boston là Đại học Massachusetts Boston tại Dorchester. Học viện Cộng đồng Roxbury và Học viện Cộng đồng Bunker Hill là hai học viện cộng đồng công lập của thành phố. Các học viện và đại học của Boston sử dụng trên 42.600 người lao động, chiếm gầm 7% lực lượng lao động của thành phố.[143]

Boston có một số học viện âm nhạc và nghệ thuật, trong đó có Học viện Nghệ thuật và Thiết kế Đại học Lesley, Học viện Nghệ thuật Massachusetts, Học viện Nghệ thuật New England, Học viện Nghệ thuật và Thiết kế New England (Đại học Suffolk), và Nhạc viện New England (nhạc viện độc lập lâu năm nhất tại Hoa Kỳ).[144] Các học viện âm nhạc khác gồm có Nhạc viện Boston, Học viện Bảo tàng Mỹ thuật, và Học viện Âm nhạc Berklee- khiến Boston trở thành một thành phố ban trọng đối với nhạc jazz.[145]

Một số đại học nằm ngoài ranh giới Boston song có sự hiện diện lớn trong thành phố. Đại học Harvard là đại học lâu năm nhất tại Hoa Kỳ, nằm ven sông Charles thuộc thành phố Cambridge. Các học viện kinh doanh và y tế của Đại học Harvard nằm tại Boston, và có các kế hoạch mở rộng thêm đến khu phố Allston của Boston.[146] Học viện Công nghệ Massachusetts (MIT) nguyên nằm tại Boston song chuyển sang bên kia sông thuộc Cambridge vào năm 1916.[147] Đại học Tufts có khu trường sở chính tại phía bắc của thành phố, quản lý các học viện y tế và nha khoa của mình.[148]